Das Pay Through Verfahren findet bei der Strukturierung von Asset Backed Securities Anwendung. Bei dem Pay Through Verfahren findet im Gegensatz zu dem Pass Through Verfahren eine aktives Management der Zahlungsströme statt. Zinszahlungen sowie vorzeitige Tilgungszahlungen können dadurch reinvestiert werden, bspw. in Geldmarktpapiere.